U novorozenců ženského pohlaví by měly velké stydké pysky překrývat malé. Může se objevit výtok ze zevních rodidel, jelikož holčička byla v matčině těle ovlivňována hormony a po porodu tento vliv ustal. Výtok je většinou hlenovitý, někdy (ve 2. týdnu života) slabě krvavý.
U chlapečků se vyšetřuje, zda jsou sestouplá varlata v šourku. Během intrauterinního vývoje by mělo dojít k sestupu varlátek z dutiny břišní do šourku, ale může se stát, že sestup po porodu není dokončen. Sestup a upevnění varlat může trvat 6 – 8 měsíců, pokud do této doby není ukončen, odešle se dítě na vyšetření k endokrinologovi nebo urologovi. Po porodu bývá šourek oteklý a někdy i fialově zbarvený. Pokud zůstává zvětšený, může obsahovat tekutinu v obalech varlat. To se nazývá hydrokéla, neboli vodní kýla. Hydrokéla se průběžně zmenšuje, a pokud se ztratí úplně, není nutná žádná další terapie. V jiném případě může ale jít o skrotální kýlu, kterou je třeba řešit chirurgicky. Vždy se musí zkontrolovat vyústění močové trubice, zda nejsou přítomny vrozené anomálie (hypospadie, epispadie). Ústí močové trubice má být štěrbinovité a na vrcholu žaludu. Při hypospadii uretra neprobíhá celým penisem a ústí na dolní části penisu nebo hned za glandus penis. V případě epispadie močová trubice ústí na opačné, horní straně penisu, směrem k podbřišku. U novorozence se také sleduje průchodnost anu, jeho poloha a zevní vzhled.
Vyšetření novorozence v porodnici 5.část – Vyšetření dolních končetin